Il sistema immunitario aggredisce le cellule dei dotti biliari causandone l’infiammazione e quindi un ristagno di bile. Gradualmente questa situazione porta alla fibrosi di questi canali (ossia alla sostituzione del tessuto sano con tessuto cicatriziale) e, nelle fasi più avanzate della malattia, alla cirrosi epatica.
La colangite biliare primitiva è una patologia a esordio progressivo: questo significa che almeno inizialmente il paziente non presenta sintomi particolari, anche se può avvertire progressivamente prurito, stanchezza e secchezza della bocca. Con il passare del tempo emergono poi le manifestazioni tipiche della cirrosi epatica (dolore addominale e muscolare, perdita di appetito e di peso, sensazione di nausea, colorazione gialla della cute e degli occhi, confusione mentale).