Purtroppo al momento non è disponibile una terapia in grado di curare in maniera risolutiva la malattia. Per questo motivo, la sopravvivenza del bambino dipende dalla nutrizione parenterale, ossia dalla somministrazione per via venosa di adeguate miscele nutritive. Nella maggior parte dei casi, tale trattamento si rende necessario per tutta la vita.
In alcuni casi, lo sviluppo di complicanze potenzialmente letali - legate all'insufficienza intestinale e alla nutrizione parenterale a lungo termine - pone l’indicazione al trapianto di intestino. Anche per questo motivo è importante che il paziente venga seguito da centri di riferimento esperti, capaci di assicurare una appropriata assistenza medica e sanitaria.
I bambini affetti da inclusione dei microvilli che raggiungono l'età adulta devono transitare per le cure mediche a centri per l’insufficienza intestinale dell’adulto. La sopravvivenza a lungo termine, la qualità di vita e l’inserimento del paziente in ambito sociale e lavorativo sono generalmente buoni, quando seguiti da centri esperti.