In sostanza, l’addome del feto non si chiude completamente: una fessura di piccole dimensioni (raramente superiore ai quattro centimetri) consente ad alcuni organi, di solito lo stomaco o l’intestino, di svilupparsi all’esterno del corpo. L’onfalocele è di fatto un sacco translucido formato dal peritoneo e dalla membrana amniotica che contiene alcuni dei visceri normalmente localizzati nell’addome. All’interno del sacco si possono trovare alcune anse intestinali (se non l’intero intestino), lo stomaco e il fegato. Questa patologia può essere associata a difetti cardiaci e ad altre malformazioni.