Il quadro clinico dipende essenzialmente dalle caratteristiche anatomiche della singola cardiopatia congenita. In generale, nelle prime giornate di vita la presenza di un solo ventricolo attivo può portare a due fenomeni opposti: ai polmoni può arrivare troppo sangue o troppo poco.
Di conseguenza, i bambini affetti da tali patologie respirano male, sono più esposti a complicazioni polmonari e possono avere un forte rallentamento della crescita. Inoltre, a causa della scarsa ossigenazione del sangue pompato dal cuore, appaiono spesso cianotici (colorazione bluastra della pelle e delle mucose).