Purtroppo non è disponibile una cura risolutiva. L'alimentazione orale o enterale aggravano la diarrea e devono essere mantenute al livello minimo tollerato. La terapia della insufficienza intestinale cronica è la nutrizione parenterale domiciliare che, nella maggior parte dei casi, sarà necessaria per tutta la durata di vita. In alcuni casi, lo sviluppo di complicanze potenzialmente letali legate all'insufficienza intestinale e alla nutrizione parenterale a lungo termine si pone l’indicazione al trapianto di intestino. Pertanto è importante che il paziente venga riferito a centri di riferimento esperti, per assicurare una appropriata assistenza medica e sanitaria che consenta la prevenzione di complicanze gravi.
I bambini affetti da displasia epiteliale intestinale che raggiungono l'età adulta devono transitare per le cure mediche a centri per l’insufficienza intestinale dell’adulto.
La sopravvivenza a lungo termine, la qualità di vita e l’inserimento del paziente in ambito sociale e lavorativo sono buoni, quando seguiti da centri esperti.